뮬러 S, Rycak L, 아폰소 -그룬츠 F, 겨울 P, 자와다 AM, 담라스 E 외. APADB: 대체 폴리아데닐레이션 및 마이크로 RNA 조절 이벤트에 대한 데이터베이스. 데이터베이스(Oxford) 2014, 2014처리된 판독은 UCSC 테이블 브라우저로부터의 오페론 구조형 SL1344 참조 전사체 및 인간 전사체(RefSeq) 뿐만 아니라 게놈 서열 hg19를 포함하는 결합된 참조로 매핑되었다[42]. 이중 3`Seq 접근법에 대하여 다단계 별부 타구 절차는 해당 성적표에 대한 판독의 가장 신뢰할 수 있는 할당을 보장하기 위해 사용되었다. 두 기술 모두에 대해, 읽기는 모든 전사 된 유전자 좌위 3′의 끝을 포함하는 트리밍 된 전사 체 암 참조에 대해 먼저 매핑되었다. deepSuperSAGE에 대한 트리밍 참조는 NlaIII에 의해 전사 된 서열의 실리코 소화를 통해 생성되었으며, 각 전사체에 대한 마지막 NlaIII 부위에 해당하는 26 개의 염기 쌍 서열을 구성했으며, 모든 전사체 서열의 마지막 800 뉴클레오티드를 MACE 판독의 어노션에 사용하였다. 매핑되지 않은 판독은 이후에 전체 길이 전사체 참조에 추가되었습니다. 아직 매핑되지 않은 판독값은 폴리(A)-트리밍되고 전체 길이 전사체에 다시 매핑되었고, 그 다음에 게놈에 대한 추가 문구가 뒤따랐다. 각 단계에서 두 유기체의 참조에 대한 매핑을 판독하여 재언급에서 제외되었다.

DeepSuperSAGE 읽기는 두 개의 불일치를 허용하는 Bowtie로 비하여 추가되었지만 가장 낮은 수의 불일치(−v2 -strata -best)의 정렬만 보고했습니다. MACE 읽기는 기본 매개 변수 설정이 있는 짧은 읽기 매퍼 Novoalign v2.07.13(노보크래프트 기술)을 사용하여 매핑되었습니다. Rel/NF-θB 전사 인자 및 NF-θB 억제제 패밀리의 여러 구성원을 인코딩하는 mRNAs는 감염 시 유전자 발현에서 현저한 반응을 표시한다(도 4a). 특히, mRNAs 인코딩 억제제 단백질(IθBs)의 차등 발현 패턴은 감염의 발병과 함께 통로의 활성화 후 의 열화를 위해 표시된 IθBs의 증가를 가리킨다. 중간 수준에서 후기 상호 작용으로 의 규제완화에 대한 일반적인 경향을 제외하고, TLR4 시그널링 캐스케이드의 다른 구성원에 대한 코딩된 전사체의 발현 수준은 다른 상호작용 단계에서 크게 영향을 받지 않으며, 이는 대부분의 인코딩된 단백질이 신호 전달의 맥락에서 세포질 풀로부터 분해되거나 고갈되지 않는다는 사실과 일치한다. 세포내 소포에서 독점적으로 발현되는 TLR3 및 TLR7-9 외에도, 숙주 세포는 RIG-I-like 수용체(RRS) 및 Nod-like 수용체(LRS)를 포함하는 세포내 PRRs의 추가 클래스를 항구한다[29]. TLRs와 대조적으로, RRS는 모든 세포 유형의 시토졸에 존재하며, 바이러스에 의한 활성화뿐만 아니라 세균성 핵산은 I형 인터페론 및 사이토카인의 유도발현을 초래한다[32]. LGP2(DHX58)를 코딩하는 전사체는 제1 및 마지막 감염 단계에서 강하게 하향 조절되며, 그 발현은 초기에서 중간 수준 상호작용까지 하향 조절된다(그림 4b). 이 전사체의 차동 시간 의존적 발현은, MDA5(IFIH1) 및 RIG-I(DDX58)로서 다른 RLR-인코딩 mRNA와는 달리, LGP2의 병원균 유도 활성화를 시사하고 감염에 대한 초기 및 후기 반응에서 단백질의 기능적 역할을 가리킨다. NLR 패밀리는 다양한 PAMP를 인식하기 위한 20명 이상의 구성원으로 구성되며, 해당 mRNA의 식별된 발현 프로파일은 그에 따라 다릅니다.

NAIP를 인코딩하는 전사체는 비상호작용세포에서 초기 상호작용세포에 이르는 가장 강력한 업규제를 표시하며, 중간 수준에서 후기 상호작용까지 추가적으로 업규제를 받는다. 이 mRNA의 시간 의존적 발현은 결과적으로 DHX58의 패턴과 유사하며, 다시 감염에 반응하여 인코딩된 단백질의 기능적 의미를 시사한다. 폴리 (A)− 분획에서 생성 된 시퀀싱 데이터는 2.5 에서 750 만 개의 고품질 및 PCR 중복없는 읽기로 구성되며 해당 폴리 (A)+ 라이브러리의 읽기 수는 SL1344 라이브러리에서 거의 4 백만 에서 ~ 75,000 읽기까지 다양합니다 (그림 2a, b 및 추가 파일 1: 표 S1).